O Colégio PIO XII foi fundado em 1990, pelo educador Rachid Mohamd Chibib. Inicialmente, o Colégio ofereceu o Ensino Fundamental 2 (5ª a 8ª Série) e Ensino Médio não profissionalizante. Nessa época, o Colégio foi instalado na UVV – Universidade Vila Velha, na Rua José Carlos Cola, nº 15, Boa Vista II, município de Vila Velha, Espírito Santo.
Em 1996, a Instituição recebeu autorização para o funcionamento das Séries Iniciais (1ª a 4ª Série) e do curso Profissionalizante de Técnico em Processamento de Dados. Nesse mesmo ano, o Colégio foi transferido para o atual endereço: Avenida Resplendor, nº 85, Itapoã, Vila Velha, Espírito Santo.